Bien que l'électroérosion à fil soit précise et polyvalente, elle présente certaines limites. Il ne peut couper que des matériaux conducteurs d'électricité, à l'exclusion des plastiques, des céramiques et des composites. La vitesse de coupe est plus lente que celle de certaines méthodes d'usinage conventionnelles, en particulier pour les matériaux très épais, ce qui peut allonger le temps de production. Les coûts d'exploitation peuvent être plus élevés en raison de l'utilisation continue de fil et de fluide diélectrique. Le réglage et la programmation de la machine sont complexes et nécessitent des opérateurs qualifiés. L'obtention des meilleurs états de surface peut nécessiter des passes supplémentaires, ce qui allonge encore le temps d'usinage.