على الرغم من أن ماكينة EDM السلكية دقيقة ومتعددة الاستخدامات، إلا أن لها بعض القيود. يمكنها قطع المواد الموصلة للكهرباء فقط، باستثناء البلاستيك والسيراميك والمواد المركبة. سرعة القطع أبطأ من بعض طرق التشغيل الآلي التقليدية، خاصةً على المواد السميكة للغاية، مما قد يزيد من وقت الإنتاج. يمكن أن تكون تكاليف التشغيل أعلى بسبب الاستخدام المستمر للسلك والسائل العازل. إعداد الماكينة وبرمجتها معقدة، مما يتطلب مشغلين مهرة. قد يتطلب الحصول على أعلى تشطيبات سطحية أعلى تمريرات إضافية، مما يزيد من وقت التشغيل الآلي.
